Application of PolyPRep tools on HIV protease polyproteins using molecular docking

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Morphophysiological changes of Acca sellowiana (Myrtaceae: Myrtoideae) saplings under shade gradient

Abstract Understanding morphological and physiological changes under different light conditions in native fruit species in juveniles stage is important, as it indicate the appropriate environment to achieve vigorous saplings. We aimed to verify growth and morphophysiological changes under shade gradient in feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) to achieve good quality saplings adequate to improve cultivation in orchards. The saplings were grown for twenty-one-month under four shading treatments (0%, 30%, 50%, and 80%). Growth, photosynthetic pigments, gas exchanges, chlorophyll fluorescence, and leaf anatomy parameters were evaluated. Saplings under full sun and 30% shade had higher height and diameter growth and dry mass accumulation due to higher photosynthesis rate. As main acclimatization mechanisms in feijoa saplings under 80% shade were developed larger leaf area, reduced leaf blade thickness, and enhanced quantum yield of photosystem II. Even so, the net CO2 assimilation and the electron transport rate was lower and, consequently, there was a restriction on the growth and dry mass in saplings under deep shade. Therefore, to obtain higher quality feijoa saplings, we recommend that it be carried out in full sun or up to 30% shade, to maximize the sapling vigor in nurseries and, later, this light environment can also be used in orchards for favor growth and fruit production.

Resumo A verificação de mudanças morfológicas e fisiológicas sob diferentes condições luminosas em espécies frutíferas nativas em estágio juvenil é importante, uma vez que indicam o ambiente adequado para a formação de mudas com alto vigor. Objetivou-se verificar o crescimento e as alterações morfofisiológicas sob gradiente de sombreamento em mudas de feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) para obter mudas de boa qualidade, adequadas para fomentar os plantios da espécie em pomares. As mudas foram cultivadas por vinte e um meses sob quatro tratamentos de sombreamento (0%, 30%, 50% e 80%). Foram avaliados parâmetros de crescimento, pigmentos fotossintéticos, trocas gasosas, fluorescência da clorofila e anatomia foliar. Mudas a pleno sol e 30% de sombra apresentaram maior crescimento em altura, diâmetro e acúmulo de massa seca, devido à maior taxa de fotossíntese. Como principais mecanismos de aclimatação sob 80% de sombra, as mudas desenvolveram maior área foliar, redução da espessura do limbo foliar e aumento do rendimento quântico do fotossistema II. Mesmo assim, a assimilação líquida de CO2 e a taxa de transporte de elétrons foram menores e, consequentemente, houve restrição ao crescimento e acúmulo de massa seca das mudas no maior nível de sombreamento. Portanto, para a obtenção de mudas de feijoa de maior qualidade, recomendamos que seja realizada a pleno sol ou até 30% de sombra, para maximizar o vigor das mudas em viveiros e, posteriormente, este ambiente de luz também pode ser utilizado em pomares para favorecer o crescimento e a produção de frutos.

Application of PolyPRep tools on HIV protease polyproteins using molecular docking / Aplicação da ferramenta PolyPRep em poliproteínas de protease de HIV usando docking molecular

Abstract In recent years, the development of high-throughput technologies for obtaining sequence data leveraged the possibility of analysis of protein data in silico. However, when it comes to viral polyprotein interaction studies, there is a gap in the representation of those proteins, given their size and length. The prepare for studies using state-of-the-art techniques such as Machine Learning, a good representation of such proteins is a must. We present an alternative to this problem, implementing a fragmentation and modeling protocol to prepare those polyproteins in the form of peptide fragments. Such procedure is made by several scripts, implemented together on the workflow we call PolyPRep, a tool written in Python script and available in GitHub. This software is freely available only for noncommercial users.

Resumo Nos últimos anos, o desenvolvimento de tecnologias de alto rendimento para obtenção de dados sequenciais potencializou a possibilidade de análise de dados proteicos in silico. No entanto, quando se trata de estudos de interação de poliproteínas virais, existe uma lacuna na representação dessas proteínas, devido ao seu tamanho e comprimento. Para estudos utilizando técnicas de ponta como o Aprendizado de Máquina, uma boa representação dessas proteínas é imprescindível. Apresentamos uma alternativa para este problema, implementando um protocolo de fragmentação e modelagem para preparar essas poliproteínas na forma de fragmentos de peptídeos. Tal procedimento é feito por diversos scripts, implementados em conjunto no workflow que chamamos de PolyPRep, uma ferramenta escrita em script Python e disponível no GitHub. Este software está disponível gratuitamente apenas para usuários não comerciais.

Morphophysiological changes of Acca sellowiana (Myrtaceae: Myrtoideae) saplings under shade gradient / Alterações morfofisiológicas em mudas de Acca sellowiana (Myrtaceae: Myrtoideae) sob gradiente de sombreamento

Abstract Understanding morphological and physiological changes under different light conditions in native fruit species in juveniles' stage is important, as it indicate the appropriate environment to achieve vigorous saplings. We aimed to verify growth and morphophysiological changes under shade gradient in feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) to achieve good quality saplings adequate to improve cultivation in orchards. The saplings were grown for twenty-one-month under four shading treatments (0%, 30%, 50%, and 80%). Growth, photosynthetic pigments, gas exchanges, chlorophyll fluorescence, and leaf anatomy parameters were evaluated. Saplings under full sun and 30% shade had higher height and diameter growth and dry mass accumulation due to higher photosynthesis rate. As main acclimatization mechanisms in feijoa saplings under 80% shade were developed larger leaf area, reduced leaf blade thickness, and enhanced quantum yield of photosystem II. Even so, the net CO2 assimilation and the electron transport rate was lower and, consequently, there was a restriction on the growth and dry mass in saplings under deep shade. Therefore, to obtain higher quality feijoa saplings, we recommend that it be carried out in full sun or up to 30% shade, to maximize the sapling vigor in nurseries and, later, this light environment can also be used in orchards for favor growth and fruit production.

Resumo A verificação de mudanças morfológicas e fisiológicas sob diferentes condições luminosas em espécies frutíferas nativas em estágio juvenil é importante, uma vez que indicam o ambiente adequado para a formação de mudas com alto vigor. Objetivou-se verificar o crescimento e as alterações morfofisiológicas sob gradiente de sombreamento em mudas de feijoa (Acca sellowiana (O. Berg) Burret) para obter mudas de boa qualidade, adequadas para fomentar os plantios da espécie em pomares. As mudas foram cultivadas por vinte e um meses sob quatro tratamentos de sombreamento (0%, 30%, 50% e 80%). Foram avaliados parâmetros de crescimento, pigmentos fotossintéticos, trocas gasosas, fluorescência da clorofila e anatomia foliar. Mudas a pleno sol e 30% de sombra apresentaram maior crescimento em altura, diâmetro e acúmulo de massa seca, devido à maior taxa de fotossíntese. Como principais mecanismos de aclimatação sob 80% de sombra, as mudas desenvolveram maior área foliar, redução da espessura do limbo foliar e aumento do rendimento quântico do fotossistema II. Mesmo assim, a assimilação líquida de CO2 e a taxa de transporte de elétrons foram menores e, consequentemente, houve restrição ao crescimento e acúmulo de massa seca das mudas no maior nível de sombreamento. Portanto, para a obtenção de mudas de feijoa de maior qualidade, recomendamos que seja realizada a pleno sol ou até 30% de sombra, para maximizar o vigor das mudas em viveiros e, posteriormente, este ambiente de luz também pode ser utilizado em pomares para favorecer o crescimento e a produção de frutos.

New Therapeutic Perspective Based on Anacardium humile in the Treatment of Skin Wound Infected by Staphylococcus aureus

This is a literature review with the objective of presenting scientific evidence about the therapeutic importance of the use of Anacardium humile for the treatment of infected skin wounds. Retrospective and analytical study carried out from 1999 to 2021, in the Bireme, UpToDate, Pubmed and Scielo databases. The association of the descriptors “Phytotherapy” was used; “Cerrado and Pantanal Plants”; “Wounds contaminated by bacteria”; “elastic fibers”. Of the 248 articles analyzed, 36 were included in the review because they met the inclusion criteria. Among the results, it was evidenced that the conventional treatments, although effective (the gold standard being Sulfadiazine 1% silver), present toxicity to human keratinocytes and fibroblasts, with this, it is concluded that further research will be necessary to prove the effectiveness of new treatment options or association of herbal medicines with treatment.

Women's futsal at a Brazilian university: does the academic social environment influence prejudices against the players?

Abstract Aim: Prejudice against women's futsal players is reported in the literature. The perception of prejudice in university futsal may be lower due to the higher educational level of the players and a more open-minded context. This study aimed to describe the experience of young women university futsal players and to explore their perspective on gender prejudice in that sports practice. Methods: Ten women university futsal players (aged 18 to 30 years old) were interviewed. Data were produced and analyzed following a grounded theory approach. Results: The results showed that the athletes perceived they suffered gender prejudice for playing futsal, however, in the university context this was attenuated. The participants experienced diversified practice before specializing in futsal and felt that the support of male family members and friends was important to their engagement in futsal and soccer in childhood and adolescence. However, they also suffered from prejudice against their futsal practice coming from family and friends, struggling with the constant association between futsal practice and hegemonic masculinity. Conclusion: The participants of this study perceived less prejudice in university women's futsal in comparison to other sports contexts. Thus, the university context may have the potential to boost the practice of futsal among women.

Co-relationship between Escherichia coli in broiler cellulitis and liver lesions / Correlação entre a presença de Escherichia coli em lesões de celulite e fígados de frango

Abstract Pathogenic strains of Escherichia coli may invade the subcutaneous tissue of poultry and cause cellulitis, whilst the pathogen may also cause lesions in internal organs such as the liver. Current paper co-relates Escherichia coli and virulence genes characteristic of Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) in broilers´ cellulitis and liver lesions. One hundred carcasses were retrieved from the production chain in an avian abattoir in the state of Bahia, Brazil, between August 2013 and January 2014, due to detection of cellulitis lesions. Cellulitis and liver samples were retrieved aseptically to quantify E. coli by Petrifilm™ count fast method (3M Company) (AOAC 998.8). Virulent genes iss and iutA were removed from E. coli isolates by Polymerase Chain Reaction (PCR). Escherichia coli was isolated from 82.0% of broilers removed from the production chain and the bacterium was concomitantly detected in cellulitis and liver lesions in 40.0% of broilers. E. coli counts ranged between 1.00 and 4.73 log CFU/g in liver lesions and between 2.00 and 9.00 log UFC/g in cellulitis lesions. Virulent genes iutA and iss were detected in 97.56% and 89.02% of E. coli isolates, respectively. Genotype analysis demonstrated the concomitant amplification of genes iutA and iss in 60.0% (n=40) of samples of cellulitis and liver lesions in which the simultaneous isolation of E. coli occurred. There was a positive and significant co-relationship (r=0.22; p<0.05) between the variables occurrence of E. coli isolated from liver samples and the occurrence of E. coli isolated from cellulitis lesions. There were also positive and significant co-relationships between populations of E. coli from liver isolates and cellulitis lesions (r=0.46; p<0.05) when E. coli isolated in the liver and in cellulitis lesions was detected. Since results showed a relationship between E. coli in cellulitis and liver lesions and possible systemic infection, the occurrence of cellulitis lesions as a criterion for total discarding of carcass may be suggested.

Resumo Cepas patogênicas de Escherichia coli podem invadir o tecido subcutâneo das aves e provocar celulite aviária e este patógeno pode provocar lesões nos órgãos internos, como o fígado. Desta forma, objetivou-se correlacionar a presença de Escherichia coli e os genes de virulência característicos de Escherichia coli Patogênica para Aves (APEC) nas lesões de celulite e nos fígados dos frangos. Entre agosto de 2013 a janeiro de 2014, foram retiradas 100 carcaças da linha de produção por apresentarem lesões de celulite em um matadouro avícola da Bahia (Brasil). Foram coletadas amostras de celulite e fígados de frango assepticamente para quantificação de E. coli pelo método rápido de contagem Petrifilm™ (3M Company) (AOAC 998.8). Em seguida foi realizada a pesquisa dos genes de virulência iss e iutA nos isolados de E. coli utilizando a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Escherichia coli foi isolada em 82,00% das aves retiradas da linha de produção e a bactéria foi detectada concomitantemente nas lesões de celulite e fígado em 40,00% das aves. As contagens de E. coli variaram de 1,00 a 4,73 log UFC/g nos fígados e de 2,00 a 9,00 log UFC/g nas lesões de celulite. Os genes de virulência iutA e iss foram encontrados em 97,56% e 89,02% dos isolados de E. coli, respectivamente. A análise genotípica revelou a amplificação concomitante dos genes iutA e iss em 60,00% (n=40) das amostras de lesões de celulite e fígado nas quais houve o isolamento simultâneo de E. coli. Foi observada correlação positiva e significativa (r=0,22; p<0,05) entre as variáveis ocorrência de E. coli isolada das amostras dos fígados e ocorrência E. coli isolada das lesões de celulite e, nos casos em que foi detectada a ocorrência de E. coli isolada em fígado e lesões de celulite, correlações positivas e significativas também foram evidenciadas entre as populações de E. coli dos isolados dos fígados e das lesões de celulite, (r=0,46; p<0,05). Assim ficou evidenciada a relação entre E. coli presente nas lesões de celulite e no fígado e uma possível infecção sistêmica, desta forma, sugere-se que a presença de lesões de celulite seja utilizada como critério para o descarte total da carcaça.

Multiresistance and virulence factors of Staphylococcus aureus isolated from pigs / [Multirresistência e fatores de virulência de Staphylococcus aureus isolados de suínos]

The emergence of livestock-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains (LA-MRSA) and the potential role of pigs in the evolution of these strains has led to increased interest in research of these microorganisms. However, this has contributed to a lack of research in the isolation and characterization of methicillin-susceptible S. aureus strains (MSSA). In this study, the prevalence of S. aureus in pigs in the nursery and finishing stages were analyzed. The susceptibility profiles to antibiotics, tolerance to heavy metals, and biofilm production of the isolates were evaluated using phenotypic and genotypic techniques. A total of 1,250 colonies suggestive of Staphylococcus spp. were isolated from 128 pigs, of which 63.6% (n = 795) belonged to this microbial genus. Sixty-seven colonies isolated from 34 animals (26.5%) were confirmed as S. aureus (8.4%). No strains resistant to copper, zinc, or methicillin were detected; however, all strains presented a resistance profile to at least three different classes of antimicrobials and 21 produced biofilms. These data are of concern, as they indicate the need for increased surveillance in the use of antimicrobials as well as reinforce the importance of studies on MSSA strains.(AU)

A emergência de cepas de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina associadas à pecuária (LA-MRSA) e o papel potencial dos suínos na evolução dessas cepas têm levado ao aumento do interesse na pesquisa desses microrganismos. No entanto, isso tem contribuído para a falta de estudos sobre o isolamento e a caracterização de cepas de S. aureus sensíveis à meticilina (MSSA). Neste estudo, foi analisada a prevalência de S. aureus em suínos nas fases de creche e terminação. Os perfis de suscetibilidade aos antibióticos, a tolerância a metais pesados e a produção de biofilme dos isolados foram avaliados por meio de técnicas fenotípicas e genotípicas. Um total de 1.250 colônias sugestivas de Staphylococcus spp. foi isolado de 128 suínos, das quais 63,6% (n = 795) pertenciam a esse gênero microbiano. Sessenta e sete colônias isoladas de 34 animais (26,5%) foram confirmadas como S. aureus (8,4%). Nenhuma cepa resistente ao cobre, ao zinco ou à meticilina foi detectada; entretanto, todas as cepas apresentaram perfil de resistência a pelo menos três classes diferentes de antimicrobianos e 21 produziam biofilme. Esses dados são preocupantes, pois indicam a necessidade de maior vigilância no uso de antimicrobianos, bem como reforçam a importância de estudos com cepas de MSSA.(AU)

α, ß-Amyrin prevents steatosis and insulin resistance in a high-fat diet-induced mouse model of NAFLD via the AMPK-mTORC1-SREBP1 signaling mechanism

Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD), characterized by hepatosteatosis and steatohepatitis, is intrinsically related to obesity. Our previous study reported on the anti-obese activity of α,β-amyrin (AMY), a pentacyclic triterpene isolated from Protium heptaphyllum. This study investigated its ability to prevent fatty liver and the underlying mechanism using the mouse model of NAFLD. NAFLD was induced in male Swiss mice fed a high fat diet (HFD) for 15 weeks. The controls were fed a normal chow diet (ND). The mice were simultaneously treated with AMY at 10 and 20 mg/kg or fenofibrate at 50 mg/kg. Lipid levels along with metabolic and inflammatory parameters were assessed in liver and serum. The liver sections were histologically examined using H&E staining. RT-qPCR and western blotting assays were performed to analyze signaling mechanisms. Mice fed HFD developed severe hepatic steatosis with elevated triglycerides and lipid droplets compared with ND controls. This was associated with a decrease in AMP-activated protein kinase (AMPK) activity, an increase of mechanistic target of rapamycin complex 1 (mTORC1) signaling, and enhanced sterol regulatory element binding protein 1 (SREBP1) expression, which have roles in lipogenesis, inhibition of lipolysis, and inflammatory response. AMY treatment reversed these signaling activities and decreased the severity of hepatic steatosis and inflammatory response, evidenced by serum and liver parameters as well as histological findings. AMY-induced reduction in hepatic steatosis seemed to involve AMPK-mTORC1-SREBP1 signaling pathways, which supported its beneficial role in the prevention and treatment of NAFLD.

Valor nutricional do capim-elefante verde colhido em diferentes idades de rebrota / [Nutritional value of fresh elephantgrass harvested at different regrowth ages]

Avaliou-se o valor nutricional do capim-elefante verde colhido aos 56, 84 e 112 dias de idade, por meio do consumo e da digestibilidade em ovinos, da degradabilidade in situ e da cinética da fermentação ruminal. O capim-elefante colhido aos 56 dias proporcionou maiores valores de consumo da MS (1204,81g/dia), da EB (4910,41kcal/dia), da ED (3436,21kcal/dia) e da PB (130,90g/dia). Para o capim-elefante colhido aos 56 dias, ainda foram observados os maiores valores de digestibilidade da MS (70,64%), da EB (70,11%), da PB (68,96%), da FDN (71,4%) e do conteúdo ED (2,86Mcal/kg MS). Com o avanço da idade de corte, houve redução da degradabilidade potencial da MS (77,99% x 68,33%), da PB (84,80% x 56,52%) e da FDN (72,18% x 64,33%), para as idades de corte de 56 e 112 dias, respectivamente. O capim cortado aos 56 dias apresentou maior valor de produção cumulativa de gases (210,50mL/g de MS) e de degradabilidade da matéria seca (63,9%) após 96 horas de fermentação. O capim-elefante verde deve ser colhido aos 56 dias de rebrota em razão das características nutricionais apresentadas.(AU)

The nutritional value of fresh elephant grass harvested at 56, 84 and 112 days of age was evaluated by intake and digestibility in sheep, in situ degradability, and ruminal fermentation's kinetics. The elephant grass harvested at 56 days provided higher DM intake (1204.81g/day), GE (4910.41kcal/day), DE (3436.21kcal/day), and CP (130.90g/day) values. Furthermore, the highest DM (70.64%), GE (70.11%), DE (2.86%) and CP (68.96%) digestibility values were observed at 56 days. With the increase in the harvest age there was a reduction in the DM (77.99 x 68.33%), CP (84.80 x 56.52%) and NDF (72.18 x 64.33%) potential degradability in the treatments 56 and 112 days, respectively. Higher values of cumulative gas production (210,50mL/g DM) and DM degradability for elephant grass were observed at 56 days, after 96 hours of fermentation. The fresh elephant grass should be harvested at 56 days of regrowth due to the nutritional characteristics found in this study.(AU)

Heterotrophic flagellates (Amorpha and Diaphoretiches) in phytotelmata bromeliad (Bromeliaceae) / Flagelados heterotróficos (Amorpha e Diaphoretiches) em fitotelmata de bromélia (Bromeliaceae)

Abstract Many plants may accumulate rainwater, forming phytotelmata, aquatic microhabitats inhabited by various organisms. The aim of this study was to conduct an inventory of heterotrophic flagellates associated with phytotelmata of the bromeliad Aechmea distichantha Lem., found in rocky cliffs on the Upper Paraná River. The bromeliads were removed manually from the rocky wall, the water was removed and cultures of organisms of each plant were mounted in Petri dishes. Sixteen species of heterotrophic flagellate were recorded, drawn and described, among them one species belonging to the Amorpha Domain and 15 species to the Diaphoretiches Domain. The groups with most species were Euglenida and Kinetoplastea. The low diversity of heterotrophic flagellates recorded in this study, compared to the plankton of lakes and reservoirs, is probably related to the fact that phytotelmata are habitats with extreme environmental conditions, thus selecting organisms tolerant to these environments.

Resumo Em sua superfície externa, muitas plantas podem acumular água da chuva formando fitotelmata, ou seja, micro-habitat aquáticos colonizados por diversos organismos, entre eles, os flagelados protistas. Fez-se um inventário de flagelados heterotróficos associados ao fitotelmata da bromélia Aechmea distichantha Lem., encontrada em paredões rochosos em um trecho da bacia do alto rio Paraná. As bromélias foram retiradas manualmente de paredão rochoso e, em laboratório, a água foi retirada dos tanques de cada planta, e foram montadas culturas dos organismos em placas de Petri. Os flagelados heterotróficos foram, então, observados in vivo sob microscópio óptico Olympus BX51, com sistema de contraste de interferência diferencial (DIC) acoplado. Dezesseis espécies flagelados heterotróficos foram registradas, desenhadas e descritas, sendo uma espécie pertencente ao Domínio Amorpha e 15 espécies ao Domínio Diaphoretiches. Os grupos mais especiosos foram Euglenida e Kinetoplastea. A diversidade relativamente reduzida de flagelados heterotróficos, quando comparada ao plâncton de lagos e reservatórios, pode estar relacionada ao fato de os fitotelmata serem habitats limitados, com condições ambientais extremas, selecionando, assim, organismos tolerantes a esses ambientes.

El consumo de la polidextrosa previene la obesidad y sus comorbilidades en ratas alimentados con dieta hipercalórica / Polydextrose consumption prevents obesity and comorbidities in rats fed with a hypercaloric diet

RESUMEN El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto de las diferentes concentraciones de polidextrosa en la prevención de la obesidad y sus comorbilidades, en ratas alimentados con dieta hipercalórica. Se utilizaron ratas machos Wistar, repartidos en 4 grupos: Grupo control (HC) y 3 grupos que recibieron dieta hipercalórica con suplementación del 2%, 4% y 6% de polidextrosa (HC2%P, HC4%P y HC6%P respectivamente). La dieta hipercalórica utilizada fue la del tipo de cafetería para inducir la obesidad. Se midió peso corporal e ingesta de la dieta, se realizaron pruebas de tolerancia a la glucosa y a la insulina. Los animales fueron sometidos a eutanasia para toma de muestra de sangre medidas antropométricas y pesaje de órganos y tejidos. La polidextrosa disminuyó significantemente el peso, la grasa corporal, la glicemia, los triglicéridos, la intolerancia a la glucosa y la resistencia a la insulina, y aumentó los niveles del colesterol HDL. Se concluye que el consumo de poli- dextrosa redujo las complicaciones derivadas de la obesidad en ratas alimentados con dieta hipercalórica, siendo éste un potencial tratamiento para el control de la obesidad, la diabetes tipo II y las enfermedades cardiovasculares.

ABSTRACT The aim of this study was to evaluate the effect of different polydextrose concentrations for the prevention of obesity and its comorbidities in rats fed a high calorie diet. Thirty male Wistar rats were used. Rats were divided into 4 groups: Control group (HC) and 3 groups which received a hypercaloric diet with 2%, 4% and 6% polydextrose supplementation (HC2%P, HC4%P and HC6%P, respectively). The hypercaloric diet used was of the cafeteria type to induce obesity. Body weight and feed intake were verified weekly. Glucose and insulin tolerance tests were performed five days before finalizing the experiment. At the end of the experiment, animals were euthanized for blood collection, anthropometric measurements and tissue weighing. Polydextrose significantly decreased weight, body fat, blood glucose, triglycerides, glucose intolerance and insulin resistance and increased HDL cholesterol levels. The use of polydextrose reduced the complications of obesity in mice fed a hypercaloric diet. In conclusion, polydextrose may be a promising treatment for controlling obesity, diabetes type II and cardiovascular diseases.

In silico prediction of the functional and structural consequences of the non-synonymous single nucleotide polymorphism A122V in bovine CXC chemokine receptor type 1 / Predição in silico das consequências funcionais e estruturais do polimorfismo de nucleotídeo único não-sinônimo A122V no receptor de quimiocina CXC do tipo I bovino

Abstract The current study aimed to assess whether the A122V causal polymorphism promotes alterations in the functional and structural proprieties of the CXC chemokine receptor type 1 protein (CXCR1) of cattle Bos taurus by in silico analyses. Two amino acid sequences of bovine CXCR1 was selected from database UniProtKB/Swiss-Prot: a) non-polymorphic sequence (A7KWG0) with alanine (A) at position 122, and b) polymorphic sequence harboring the A122V polymorphism, substituting alanine by valine (V) at same position. CXCR1 sequences were submitted as input to different Bioinformatics' tools to examine the effects of this polymorphism on functional and structural stabilities, to predict eventual alterations in the 3-D structural modeling, and to estimate the quality and accuracy of the predictive models. The A122V polymorphism exerted tolerable and non-deleterious effects on the polymorphic CXCR1, and the predictive structural model for polymorphic CXCR1 revealed an alpha helix spatial structure typical of a receptor transmembrane polypeptide. Although higher variations in the distances between pairs of amino acid residues at target-positions are detected in the polymorphic CXCR1 protein, more than 97% of the amino acid residues in both models were located in favored and allowed conformational regions in Ramachandran plots. Evidences has supported that the A122V polymorphism in the CXCR1 protein is associated with increased clinical mastitis incidence in dairy cows. Thus, the findings described herein prove that the replacement of the alanine by valine amino acids provokes local conformational changes in the A122V-harboring CXCR1 protein, which could directly affect its post-translational folding mechanisms and biological functionality.

Resumo O presente estudo objetivou avaliar se o polimorfismo causal A122V promove alterações nas propriedades funcionais e estruturais da proteína receptora de quimiocina CXC do tipo 1 (CXCR1) de bovino Bos taurus por análises in silico. Duas sequências de aminoácidos da CXCR1 bovina foram selecionadas a partir do banco de dados UniProtKB/Swiss-Prot: a) sequência não-polimórfica (A7KWG0) contendo alanina (A) na posição 122, e b) sequência polimórfica carreando o polimorfismo A122V, causando a substituição de alanina por valina (V) na mesma posição. As sequências CXCR1 foram analisadas por diferentes ferramentas de Bioinformática para examinar o efeito desse polimorfismo sobre sua estabilidade, função e estrutura, predizer eventuais alterações na sua modelagem estrutural 3-D, bem como estimar a qualidade dos modelos preditos. O polimorfismo A122V exerceu efeitos toleráveis e não-deletérios sobre a CXCR1 polimórfica, apresentando um modelo estrutural de alfa-hélice típico de uma proteína receptora transmembranar para ambas as proteínas. Embora maiores variações nas distâncias entre os pares de aminoácidos nas posições-alvo tenham sido detectadas na proteína polimórfica, mais do que 97% dos aminoácidos em ambos os modelos foram situados em regiões ditas favoráveis e permitidas nos diagramas de Ramachandran. Evidências sustentam que o polimorfismo de nucleotídeo único A122V na proteína receptora CXCR1 está associado à aumentada incidência de mastite clínica em vacas leiteiras. Assim, as descobertas descritas aqui comprovam que a substituição do aminoácido alanina por valina provoca mudanças conformacionais locais na proteína CXCR1 polimórfica, que podem estar diretamente afetando seus mecanismos de enovelamento pós-traducionais e sua função biológica.

Gastrointestinal parasites of a population of emus (Dromaius novaehollandiae) in Brazil / Parasitas gastrointestinais de emus Dromaius novaehollandiae de cativeiro no Brasil

Abstract Emus are large flightless birds in the ratite group and are native to Australia. Since the mid-1980s, there has been increased interest in the captive breeding of emus for the production of leather, meat and oil. The aim of this study was to identify gastrointestinal parasites in the feces of emus Dromaius novaehollandiae from a South American scientific breeding. Fecal samples collected from 13 birds were examined by direct smears, both with and without centrifugation, as well as by the fecal flotation technique using Sheather's sugar solution. Trophozoites, cysts and oocysts of protozoa and nematode eggs were morphologically and morphometrically evaluated. Molecular analysis using PCR assays with specific primers for the genera Entamoeba, Giardia and Cryptosporidium were performed. Trophozoites and cysts of Entamoeba spp. and Giardia spp., oocysts of Eimeria spp. and Isospora dromaii, as well as eggs belonging to the Ascaridida order were found in the feces. Three animals were diagnosed with Giardia spp., and three were positive for Entamoeba spp. based on PCR techniques. After analyzing the data, we concluded that emus were infected enzootically by nematode and protozoan species.

Resumo Emus são aves grandes que não voam pertencentes ao grupo das ratitas e são originários da Austrália. Desde meados da década de 1980, aumentou o interesse pela criação de emus em cativeiro para a produção de couro, carne e óleo. O objetivo deste estudo foi identificar parasitas gastrointestinais nas fezes de emus Dromaius novaehollandiae de um criatório científico da América do Sul. Amostras de fezes coletadas de 13 aves foram examinadas por esfregaços diretos, tanto com e sem centrifugação, quanto com a técnica de flutuação fecal utilizando solução de açúcar de Sheather. Trofozoítos, cistos e oocistos de protozoários e ovos de nematóides foram avaliados morfologicamente e morfometricamente. Foram realizadas análises moleculares utilizando ensaios de PCR com primers específicos para os gêneros Entamoeba, Giardia e Cryptosporidium. Trofozoítos e cistos de Entamoeba spp. e Giardia spp., oocistos de Eimeria spp. e Isospora dromaii, bem como ovos pertencentes à ordem Ascaridida foram encontrados nas fezes. Três animais foram diagnosticados com Giardia spp., e três foram positivos para Entamoeba spp. com base em técnicas de PCR. Depois de analisar os dados, concluímos que os emus estavam infectados enzooticamente por espécies de nematóides e protozoários.

Circulating nucleic acids in the plasma and serum as potential biomarkers in neurological disorders

Neurological diseases are responsible for approximately 6.8 million deaths every year. They affect up to 1 billion people worldwide and cause significant disability and reduced quality of life. In most neurological disorders, the diagnosis can be challenging; it frequently requires long-term investigation. Thus, the discovery of better diagnostic methods to help in the accurate and fast diagnosis of neurological disorders is crucial. Circulating nucleic acids (CNAs) are defined as any type of DNA or RNA that is present in body biofluids. They can be found within extracellular vesicles or as cell-free DNA and RNA. Currently, CNAs are being explored as potential biomarkers for diseases because they can be obtained using non-invasive methods and may reflect unique characteristics of the biological processes involved in several diseases. CNAs can be especially useful as biomarkers for conditions that involve organs or structures that are difficult to assess, such as the central nervous system. This review presents a critical assessment of the most current literature about the use of plasma and serum CNAs as biomarkers for several aspects of neurological disorders: defining a diagnosis, establishing a prognosis, and monitoring the disease progression and response to therapy. We explored the biological origin, types, and general mechanisms involved in the generation of CNAs in physiological and pathological processes, with specific attention to neurological disorders. In addition, we present some of the future applications of CNAs as non-invasive biomarkers for these diseases.

Topography and syntopy of abdominopelvic viscera of the giant anteater (Myrmecophage tridactyla - Linnaeus, 1758) / Topografia e sintopia das vísceras abdominopélvicas do tamanduá-bandeira (Myrmecophage tridactyla - Linnaeus, 1758)

In view of the scarcity of data about the topography and syntopy of abdominopelvic viscera of the giant anteater (Myrmecophage tridactyla - Linnaeus, 1758), the present study aimed to elucidate these characteristics and to compare them with the other animal species, especially the domestic ones. Three specimens, two males and one female, were donated by the Environmental Military Police of Franca to the Anatomy Veterinary Laboratory of the University of Franca, after death by road killings. The animals were fixed and maintained in aqueous 10% formaldehyde solution, followed by conventional dissection of the abdominopelvic cavities for subsequent direct inspection and topographic description of the viscera, aiming at comparative analyzes with other species, whose positioning and particularities are already established in the literature. It was observed that most of the viscera of these cavities have similar location and syntopy to domestic animals, except for the kidneys and testicles. In view of the established methodology and the results obtained, it is accepted that more specimens of anteater, both genera, should be evaluated and registered scientifically to confirm the data of the current research and anatomical preconization of the abdominopelvic cavity, inasmuch anatomical individual variation are possible between animals of the same species.(AU)

Diante da escassez de dados sobre a topografia e a sintopia das vísceras abdominopélvicas do tamanduá-bandeira (Myrmecophage tridactyla - Linnaeus, 1758), o presente estudo teve como objetivo elucidar essas características e compará-las com as demais espécies animais, mormente as domésticas. Utilizaram-se três espécimes, dois machos e uma fêmea, provenientes de doação da Polícia Militar Ambiental de Franca ao Laboratório de Anatomia Veterinária da Universidade de Franca, após óbitos por atropelamentos. Os animais foram fixados e mantidos em solução aquosa de formaldeído a 10%, seguidos de dissecação convencional das cavidades abdominopélvicas para posterior inspeção direta e descrição topográfica das vísceras, visando a análises comparativas com outras espécies, cujo posicionamento e cujas particularidades já são bem estabelecidos na literatura. Observou-se que a maioria das vísceras dessas cavidades possuem localização e sintopia similares aos animais domésticos, exceto os rins e os testículos. Diante da metodologia estabelecida e dos resultados obtidos, admite-se que mais espécimes de tamanduás-bandeiras, de ambos os gêneros, devam ser avaliados e registrados cientificamente, visando à confirmação dos dados da atual pesquisa e à preconização anatômica da cavidade abdominopélvica, visto que variações anatômicas individuais são passíveis entre animais da mesma espécie.(AU)

Bactérias zoonóticas isoladas de Passeriformes silvestres recuperados do tráfico de animais no estado do Ceará/Brasil / Zoonotic bacteria isolated from wild Passeriformes recovered from animal trafficking in the State of Ceará/Brazil

A ordem dos Passeriformes é uma das mais pressionadas pelas ações antrópicas, especialmente as relativas ao tráfico de animais, que, devido às más condições de manejo e higiênico-sanitárias, favorecem a infecção dos espécimes por patógenos virulentos e zoonóticos, como cepas de Escherichia coli e Salmonella spp., cujo isolamento em suabes cloacais, bem como a análise dos genes de virulência das cepas de E. coli foram objetivos do estudo. Para isso, 120 Passeriformes silvestres nativos, recebidos pelo Cetas/CE, foram avaliados individualmente. As cepas isoladas foram submetidas a teste de disco difusão para determinação da sensibilidade aos antimicrobianos. Em etapa posterior, foi realizada PCR para a detecção de oito genes de virulência dos principais patotipos diarreiogênicos de E. coli. Quanto aos resultados, nenhuma cepa de Salmonella spp. foi isolada, no entanto a ocorrência de E. coli foi de 40,8%. Foi observada elevada resistência, principalmente aos antimicrobianos tetraciclina, ampicilina e sulfazotrim, ocorrendo multirresistência em 42,8% das cepas. Pela análise molecular, foram diagnosticados quatro entre os nove genes pesquisados, com a identificação de EPEC típicas, EPEC atípicas, ETEC, EHEC e EAEC. Os resultados apontam para a importância de Passeriformes como possíveis disseminadores de zoonoses.(AU)

The order Passeriformes is one of the most pressured by anthropic actions, especially those related to animal trafficking. Due to poor sanitary and hygienic conditions, the infection of the specimens is favored by virulent and zoonotic pathogens such as strains of Escherichia coli and Salmonella spp., whose isolation in cloacal swabs as well as the analysis of the virulence genes of E. coli strains were the objectives of the study. For this, 120 native wild Passeriformes, received by CETAS/CE were individually evaluated. The isolated strains were submitted to diffusion disc test to determine sensitivity to antimicrobials. In a later stage, PCR was performed for the detection of eight virulence genes from the main E. coli diarrhoeagenic pathogens. Regarding the results, no strain of Salmonella spp. was isolated; however, the occurrence of E. coli was 40.8%. High resistance was observed, mainly to the antimicrobials Tetracycline, Ampicillin and Sulfazotrim, with multi-resistance in 42.8% of the strains. By molecular analysis, four of the nine genes were diagnosed, identifying typical EPEC, atypical EPEC, ETEC, EHEC and EAEC. The results point to the importance of Passeriformes as possible disseminators of zoonoses.(AU)